Mahou Sensei Negima! Anime Final est une fin alternative du manga. Après être revenus du monde magique, ils sont de retour en classe... Malheureusement, c'est bientôt la fin d'année et la remise des diplômes est pour demain. De plus Negi va devoir prendre une partenaire pour devenir Magi magister... Les 29 autres élèves qui ne seront pas choisis auront la mémoire effacée au sujet de l'existence de la magie et du monde magique. Toutes veulent alors s'emparer du cœur de Negi ! Mais dès le soir venu, un danger apparaît...
